O ano é 1995. Interior da África do Sul, 200 km ao norte de Garlzburg, Outer Heaven - uma fortaleza armada em forma de nação, estabelecida pelo lendário mercenário temido em combate por todos seus amigos ao lutar como maníaco e herói. As nações do "Ocidente" descobrem que uma arma de destruição em massa capaz de reescrever a história da guerra é desenvolvida em Outer Heaven. A unidade de alta tecnologia e forças especiais FOX-HOUND é chamada para cuidar da situação. Em resposta a este encargo, Big Boss, o comandante-chefe da FOX-HOUND manda Gray Fox, o homem com o codenome "FOX", que é dado ao melhor membro da unidade. "Operação intruso N313"...
Passados alguns dias, sua última mensagem: "Metal Gear..." Perde-se contato com Gray Fox. Tomando como seríssima a situação, os principais homens do "Ocidente" chamam novamente pela FOX-HOUND. Big Boss seleciona Solid Snake, que se recrutou recentemente à unidade, como agente e confia toda missão a ele.
Bem-sucedida sua infiltração em Outer Heaven, Snake entra em contato com os membros resistentes locais Schneider, Diane and Jennifer. Com a cooperação deles, Snake consegue resgatar Gray Fox, que revela fatos tenebrosos sobre o Metal Gear. Metal Gear é o nome do tanque bi-pedal em desenvolvimento; pode andar sobre os terrenos mais irregulares que barrariam tanques normais; também munido de mísseis nucleares, pode lançá-los para qualquer lugar do planeta.
Com o Metal Gear, Outer Heaven tenta estabelecer superioridade militar sobre todo o mundo. Para que o Metal Gear seja destruído, Snake resgata o chefe de engenharia do Metal Gear, Dr. Pettrovich, e sua filha, Elen, que foi tomada como refém para que seu pai fosse forçado a continuar o desenvolvimento do projeto. Com o Doutor Pettrovich, Snake aprende como destruir o novo tanque.
Entretanto, à medida que Snake se aproxima do coração de Outer Heaven e do Metal Gear, enfrenta armadilhas bem desenhadas - como se suas ações fossem descobertas pelo inimigo... No meio da crescente batalha, o líder da resistência, Schneider, cai nas mãos do inimigo, e Snake é ferido nas batalhas contra os melhores mercenários de Outer Heaven.
Mas o espírito indomável de Snakes o leva para o centésimo andar subterrâneo da base secreta onde o Metal Gear é desenvolvido. Furando o poderoso bloqueio de defesa, Snake finalmente consegue destruí-lo e tenta escapar de Outer Heaven após completar a missão. Porém, durante sua fuga, é confrontado por um homem - o comandante-chefe da FOX-HOUND, Big Boss, que ri do astuto Snake e conta a verdade por trás da missão.
Enquanto comandava a FOX-HOUND, Big Boss também comandava uma companhia de expedição de mercenários utilizando suas conexões e capital dos seus anos como soldado. Planejava transformar esta companhia num grande estabelecimento militar construindo Outer Heaven como base. Sua idéia de mandar o novato Snake para Outer Heaven era causar conflito de informações no "Ocidente".
Contudo, Big Boss planejou mal: nunca pensou que Snake chegaria tão longe... Perdendo o Metal Gear, Big Boss ativa o sistema de autodestruição da base subterrânea. Enquanto a contagem regressiva continua, seu grito ecoa no vazio.
"Você chegou muito, muito longe!"
No centésimo andar subterrâneo, a batalha entre os dois homens começa - livre de ideologia e política...
A nação armada, Outer Heaven, colapsa. A fortaleza impenetrável feita da melhor tecnologia militar e ocupada pelos mercenários mais fortes arde em chamas que atingem o céu. Outer Heaven cai, deixando Solid Snake sozinho...
